A água representa um ítem crítico na limpeza e esterilização do instrumental em razão da variedade de tratamentos que recebe, além disso, apresenta grande concentração de cloreto de sódio, presença de certos elementos particulados, juntamente com o desequilíbrio do PH que podem deteriorar o instrumental durante o processo de limpeza, além de levar a incrustação de precipitados minerais não elimináveis na fase de remoção de matéria orgânica, bem como na indução ao processo de corrosão do aço inoxidável. A presença de íons de metais pesados, tais como: ferro, cobre, manganês, chumbo e cádmio que podem impregnar-se nos instrumentos, provocando o aparecimento de manchas coloridas marrons, azuladas ou com manchas irisdicentes, apesar de se tratar de uma alteração superficial, isto não constitui em processo de corrosão. Já ação do íon cloro presente na água, o aço inoxidável tem a sua resistência à corrosão diminuída, podendo aparecer pontos de corrosão, fissuras e nas áreas de tensão finalmente a fratura dos instrumentos. Assim como na limpeza, a qualidade da água e ou vapor empregados para esterilização em autoclaves devem estar dentro das exigências de qualidade dos padrões estabelecidos a fim de assegurar a redução de corrosão. Na prática, a única forma de evitar esses incovenientes seria a utilização de água desmineralizada ou destilada, ou a instalação de um sistema de filtragem da água e vapor na área de lavagem de material e esterilização. Maiores informações estão disponíveis na Norma ISO 11.134 , encontrada no site http://www.abnt.org.br.
