A esterilização flash deve ser realizada apenas em situações de emergência, quando não existe tempo suficiente para a realização do processo de esterilização terminal. Ela também não pode ser uma forma de economia ou adequação em inventário de instrumentais cirúrgicos. Deve-se lembrar sempre que a pressão existente para reduzir o tempo de esterilização pode ocasionar na quebra de protocolos de limpeza e esterilização, e que este fator está diretamente associado ao aumento do risco de infecção aos pacientes. Olhando por este ângulo e levando em consideração o risco-benefício, em relação aos casos de infecção em consequência de esterilização flash mal-sucedida os custos podem ser bem maiores para o Estabelecimento de Assistência à Saúde (EAS) quando comparados em longo prazo ao aumento de inventário. Além disso existe também o fato de que o artigo sai da autoclave quente e é manuseado com luvas pela equipe cirúrgica, reduzindo desta forma a sensibilidade o que pode ocasionar queimaduras nos pacientes.
