A limpeza de um material depende de diferentes fatores: tempo, ação mecânica, ação química e temperatura (NEWTON, 2007). Quanto mais desmontado o artigo, melhores os resultados. O tempo de manuseio pós uso do artigo também exerce grande influência no resultado final, uma vez que artigos enxaguados com água destilada durante o uso (o soro fisiológico pode ocasionar corrosão devido à presença de cloreto de sódio) e encaminhados com menos sujidades ao expurgo apresentam menor probabilidade de formação de biofilmes ou incrustação de resíduos. Deve ser utilizada água livre de contaminantes que possam prejudicar o processo e danificar o artigo ou o equipamento de limpeza, detergentes específicos para limpeza de artigos hospitalares, escovas de cerdas não abrasivas e esponjas macias (SOBECC, 2007). O primeiro enxágüe de um material contaminado deve ser realizado com água fria, uma vez que a água quente pode ocasionar a coagulação de proteínas, dificultando a limpeza. A limpeza mecânica, realizada através de jatos de água pressurizada ou ultra-som, reduz o risco de acidentes com material biológico por minimizar o contato dos profissionais com os materiais contaminados, mas não dispensa o uso de equipamentos de proteção individual (EPI) (SOBECC, 2007). O enxágüe final deve eliminar quaisquer resíduos que possam dificultar os processos subseqüentes, danificar o material e/ou provocar reações adversas nos usuários (PINTER, GABRIELLONI, 2000; SOBECC, 2007).
